La médecine a longtemps cantonné la flore intestinal à un rôle de fermentation des fibres dans le gros intestin. Mais depuis deux décennies nous avons découvert que le tube digestif est un écosystème extraordinairement complexe.
Le microbiote en chiffres :
100 000 milliards de micro-organismes pour un poids d’environ 2,5 kg et un métagénome de 500 000 gènes.
C’est donc dix fois le nombre de nos cellules, un génome 20 fois plus riche que le notre, nous qui sommes limités aux 23 000 gènes hérités de nos parents.
Nous hébergeons dans nos intestins des milliards de bactéries, nous leur offrons le gite et le couvert, nos intestins fournissent les conditions de vie optimales (température, humidité, nourriture, ..). En retour cette flore assure pour nous des fonctions essentielles, elle nous protège contre les infections, entraine et renforce le système immunitaire, produit des composants essentiels (vitamines, neuromédiateurs).
Dès la fin du XIXème siècle Louis Pasteur s’était interrogé sur les microbes qui colonisent nos intestins, sans avoir l’air pathogènes, et aujourd’hui, le Microbiote est l’objet de toute l’attention de nombre de chercheurs…
Son étude a été difficile, 99% des microbes de l’intestin ne tolèrent pas la présence d’oxygène, leur mise en culture a donc été difficile et c’est dans les années 1970 que l’on a commencé à comprendre sa grande diversité et à établir les règles écologiques qui dominent dans le milieu intestinal.
Les progrès fulgurants du séquençage de l’ADN au début des années 2000 a créé la révolution en dévoilant le potentiel génétique et moléculaire du microbiote.
Les milliers d’années de coévolution entre les bactéries et l’humanité ont abouti à un équilibre fin, une symbiose parfaite. Les liens entre notre corps et le microbiote, sont extraordinairement divers et variés.
Le microbiote intestinal est aujourd’hui considéré comme un organe à part entière. Il est véritablement indispensable à l’acquisition et au maintien des fonctions digestives.
On associe la dysbiose (appauvrissement de la flore intestinale) aux maladies intestinales (syndrome de l’intestin irritable), mais aussi, maladies de civilisation (obésité diabète, cancers ..)
Les métabolites produits par le microbiote influencent notre système immunitaire, sur le système nerveux, le développement du cerveau, notre comportement, notre humeur…
Il est possible d’analyser et quantifier les pouvoirs du microbiote, en recourant à trois grandes stratégies :
Augmenter les effectifs de certaines familles bactériennes jugées en nombre insuffisant (par des probiotiques)
Renforcer l’activité de certaines bactéries en leur fournissant une nourriture adaptée (par des prébiotiques)
Plus radicalement, en greffant un nouveau microbiote chez certains patients (transplantation de microbiote fécal)
L’homeostasie de l’écosystème digestif requiert une régulation des populations bactériennes et l’intégrité de la muqueuse intestinale.
Lorsque cette symbiose se dérègle, lorsque nous appauvrissons la diversité de ce microbiote par des traitements antibiotiques, anti-inflammatoires, un déséquilibre alimentaire (alcool, excès de viandes rouge, junk food, …), la muqueuse intestinale agressée, devient poreuse, et un cercle vicieux s’installe : hyper-perméabilité intestinale, inflammation de bas grade, aggravation de la dysbiose. …
Cette disbiose, ce déséquilibre fait le lit de diverses pathologies syndrome de l’intestin irrible, maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI), hypersensibilités alimentaires… et aggravation de pathologies à distance : acné, migraines, poussées inflammatoires rhumatismales, …
Le microbiote se révèle donc un allié indispensable pour une prévention efficace et le maintien en bonne santé.
La micro-nutrition a investi ce domaine, et se propose d’analyser diverses pathologies en tenant compte des dernières données de la science.
« Big Pharma » surveille de près les avancées dans ce domaine, mais la législation lui oppose des limites : une bactérie ne peut pas être brevetée, ni considérée comme un médicament. Les autorités de santé exigent des garanties d’utilisation. Pour l’instant ce sont essentiellement des start-up qui se lancent, appuyées par l’industrie alimentaire qui garde en mémoire la belle histoire de Danone.
À la fin de la Première Guerre mondiale en Espagne, la population, dénutrie, souffre d’importants troubles intestinaux.
Elie Metchnikoff, chercheur à l'Institut Pasteur et prix Nobel en 1908, met en évidence les bienfaits des yaourts et des ferments lactiques sur la santé et notamment dans le traitement des désordres intestinaux. Isaac Carasso, originaire de Thessalonique connaît déjà les vertus du yaourt qui se vend là-bas dans les rues, au kilogramme. Il décide alors de l'introduire en Espagne en y incorporant des ferments lactiques, sur les conseils de médecins. C'est l'Institut Pasteur qui lui fournit les souches de ferments lactiques.
En 1919, dans un petit atelier à Barcelone, Isaac Carasso lance la production de yaourts en 1919 dans un petit atelier à Barcelone. Il appelle ses yaourts « Danon », surnom catalan de son fils, « Daniel ».
Daniel Carasso, fera des études de commerce à Marseille et un stage en bactériologie à l'Institut Pasteur, et lancera la marque en France en 1929 en créant la « Société parisienne du yoghourt Danone ».
L’histoire de la société Danone est lancée !
Daniel Carasso, s’est éteint en 2009, à 103 ans …
Le microbiote ne se limite pas à nos intestins : les méthodes développées par microbiologistes pour étudier le microbiote intestinal ont essaimé à tout l’organisme.
Les microbiotes de la bouche, de la peau, du vagin, des poumons sont aujourd’hui bien décrits. Nos poumons ont longtemps été considérés comme un milieu stérile, ils sont pourtant le siège d’un microbiote peu dense, plus fragile et qui joue un rôle protecteur. Tout se passe comme si les muqueuses produisent des sécrétions comme le mucus pour favoriser la colonisation bactérienne !
Cette flore bactérienne, et virale nous réserve certainement beaucoup de surprises.
Il est déjà évident que pour prendre soin de nous, nous devons prendre soin de nos microbes !
Définitions :
Maladies de civilisation (maladies « post-modernes) : explosion de maladies épidémiques, non transmissibles : l’obésité, le syndrome métabolique, le diabète, les maladies intestinales, les cancers, la maladie d’Alzheimer, …
Probiotiques : microbes, bactéries …qui ingérés exercent des effets positifs sur la santé, au delà des effets nutritionnels
Prébiotiques : groupes de substances qui, ingérées, favorisent la croissance et l’activité de bactéries intestinales (la plus connue, l’inuline est issue de la racine de chicorée)
Transplantation de microbiote fécal : greffe du microbiote d’un donneur sain, en cas d’infection intestinale par une bactérie résistant à tous les antibiotiques. Cette thérapeutique a montré son efficacité dans une pathologie rare, l’infection à Clostriium difficile et pour l’instant son intérêt n’a pas été validée pour d’autres indications.
Métagénomique : méthode de séquençage, étude des gènes d’un groupe de bactéries, dans sa globalité, sans distinction.